新中国首次实行特赦是在1959年。1959年9月18日，《人民日报》在头版显著位置上，发表了中共中央主席毛泽东的建议、全国人大常委会的决定和国家主席刘少奇9月17日签署的特赦令，同时配发了题为《改恶从善前途光明》的社论。 12月4日，首批33名高级战争罪犯被特赦释放。
毛泽东主张：
对国内战犯“一个不杀”
国内最早出现战犯问题，始于1948年11月1日中国人民解放军总司令朱德、副总司令彭德怀发布的惩处战争罪犯的命令。当时，解放战争已经胜利在望，对蒋介石为首的国民党战争罪犯如何处置，是全国军民共同关注的问题。朱、彭的命令明确宣布：凡国民党军官及其党部、政府各级官吏只要犯下命令所列十二条罪恶行为之一者，均应加以逮捕，并以战犯论处。还宣告我军对待国民党反动派党政军人员的政策是“首恶必惩，胁从不问，立功受奖”。
同年12月25日，毛泽东通过新华社“陕北电讯”的形式，以“陕北权威人士”的身份，就战犯名单发表谈话，举出蒋介石等43名为“头等战争罪犯”。随后又把在淮海作战中施放毒气的国民党军十二兵团司令黄维补列入名单。1949年1月，在前述44名头等战犯之外，又补充了37人。
1949年10月新中国成立后，中共中央和政务院一直对在押战争罪犯的处理问题非常重视。1952年2月5日，周恩来总理亲自指示最高人民检察署和国家公安部在“三反”运动后抓紧研究日、伪满、伪蒙疆及蒋介石集团战犯各案的处理问题，并限期提出处理方案。
20世纪50年代中期，中共中央根据国内外形势的变化，提出了和平解决台湾问题的构想，为缓和同台湾的关系，中共中央从优对待国民党战犯。由周恩来亲自安排，于1956年3月14日召开第二届全国政协常务委员会第19次扩大会议，专题讨论外籍战犯和国内战犯的处理问题。
在会议上，周恩来转达了毛泽东主席对国内战犯“一个不杀”的主张，并说：“毛主席说的对，应跟他们讲清楚，放他们出去，允许他们来去自由，他们愿意到台湾的到台湾，愿意到香港的到香港。”
会议建议中共中央对在押的国民党战犯实行“一个不杀，分批释放，来去自由，言论自由”的处理方针。并一致认为，既然原则上一个不杀，分批释放，就没有再经过审讯、宣判这一程序的必要。对已经判了刑的，会议建议可采取刑满释放，或因有病，表现好的提前释放的办法处理。
随后，在中共中央领导下，成立了由罗瑞卿、孔原、徐冰和徐子荣等组成的“处理战犯专案小组”，负责有关政策问题和其他重大问题的研讨和处理。
特赦战犯方案的形成
由此，侦讯和审判日本战犯分别由最高人民检察院和最高人民法院执行，而国内战犯的侦查与处理则主要由国家公安部负责。
1957年1月，公安部向中央写了一份对在押病残战犯的处理报告，提出对国民党洛阳少将行政专员刘焕东等12名战犯的患病情况的处理意见，经与最高人民检察院和最高人民法院商定，对其中11人保外就医，还有一名因判过刑，改判后也保外就医。对这个报告，毛泽东主席作了重要批示，他说，不但这些人应当处理，其他战犯凡犯罪较轻、表现较好的都应考虑判决释放，因为关了七八年了。犯罪较重的和严重的以后也要处理。
这时，公安部拟出了一个处理方案，并向中央作了关于在押蒋介石集团战争罪犯的处理方案的报告。报告将当时在押的871名国民党战犯，划分成首要战犯、罪行较重和严重的战犯、罪行轻微的战犯以及罪行较轻微的战犯四类。并提出对第一类和第二类中的一部分战犯抓紧审查，拟稍后处理；对第三、四类及第二类中的一部分大约有500多名拟于1957年底、1958年和1959年上半年宽大处理，予以释放。
1959年，是中华人民共和国成立十周年。1959年8月，毛泽东从杭州给刘少奇写信：我想到今年国庆十年纪念，是否可赦免一批确实改恶从善的战犯及一般正在服刑的刑事罪犯……用国庆十年的名义。此事是否可行，亦请召集有关同志商议一下。以罗瑞卿为首的处理战犯四人小组接到毛泽东的指示后，连忙在前报中央的那个方案的基础上重新进行了讨论研究。
9月14日，毛泽东代表中国共产党中央委员会向全国人民代表大会常务委员会提出建议，请对特赦战犯作出决定。9月17日，全国人大常务委员会第九次会议讨论并同意毛泽东主席的建议，作出了《关于特赦确实改恶从善的罪犯的决定》。同日，中华人民共和国主席刘少奇发布《中华人民共和国主席特赦令》。《中共中央关于特赦罪犯的指示》，也在这天发出。
中共中央的指示，强调了在建国十周年特赦罪犯的重大政治意义。指示还强调我们的特赦，是以罪犯改恶从善为主要标准。而改恶从善主要有两个方面的内容：一是在服刑改造期间认罪服法，确有良好的实际表现；二是表示拥护中国共产党的领导，拥护社会主义。
首批特赦人员的确定
公安部向关押战犯所在地的辽宁省、山东省、陕西省、四川省和内蒙古自治区公安厅发出通知，要求按特赦令的条件，列出战犯名单，逐个审查送批。
1959年9月25日，处理战犯专案小组向中央政治法律委员会并毛主席、党中央写了专题报告。在这个报告里，按当时实际关押的战犯数字为正式战犯数，即856名。
报告初步提出，拟对其中的144名战犯予以特赦释放。第一批50名，国庆节前释放，包括首要战犯杜聿明、郑庭笈、陈长捷、曾扩情、杨伯涛、邱行湘等人；第二批50名，包括首要战犯王耀武、宋瑞珂、胡临聪、卢浚泉、罗历戎、沈醉；第三批44名，包括首要战犯宋希濂、李以劻、陈金城、庞镜塘。后两批准备国庆节后放。
经中央领导同志审查研究，按照改恶从善的标准，提出分期分批、每年特赦一批的意见。决定第一批于1959年年底前释放，并将原方案的50名，压缩为33名，其中国民党战犯30名、伪满战犯2名、伪蒙战犯1名。首批释放人员，除保留原方案中的杜聿明、郑庭笈、陈长捷、曾扩情、杨伯涛、邱行湘等人外，增加了功德林战犯学习委员、黄埔三期的王耀武和功德林战犯文体委员、黄埔一期的宋希濂，以及卢汉、龙云的旧部、滇军干将卢浚泉等人。
其间，周恩来向公安部主管部长询问：“首批特赦人员中为什么没有浙江奉化的人士？”主管部门领悟周总理的用意所在，经认真研究，遂在国民党军队系统人员中增报了周振强，在国民党特务系统人员中增报了董益三。周振强是浙江诸暨县人，年轻时曾在孙中山身边任卫士，曾任蒋的警卫大队长和浙西师管区中将司令等职。董益三参加过中共，但后叛变革命，加入了国民党复兴社特务系统。中央领导同志最后同意特赦周振强。
申报释放在抚顺关押的溥仪时，曾经有过争议。毛泽东和周恩来在研究战犯处理问题的汇报会上，认真听取了有关情况。了解溥仪努力学习改造的积极表现，根据改恶从善的标准及其本人的影响，还是作出了其进入首批宽大释放名单的决定。
上报特赦关押在呼和浩特的伪蒙疆战犯时，也曾考虑释放伪蒙疆自治政府主席德穆楚克栋鲁普及其副手伪蒙古军上将副总司令李守信。德氏于1934年投靠日本，成为伪“蒙疆联合自治政府”主席。李守信原为张作霖的团长，后与日本勾结，任伪蒙政府“副主席”。1945年8月日本投降后，德、李参与反共反人民的内战，1949年12月北窜潜入蒙古人民共和国，1950年9月18日被引渡回国受审。德、李在关押改造期间，表现较差，离改恶从善的标准甚远。于是，便特赦了表现较好的雄努敦都布，雄氏曾任伪锡察盟全军副司令及伪蒙疆政务院咨议等职。
至此，33名首批特赦人员全部确定，他们是：
国民党东北保安长官司令部中将司令、徐州“剿总”中将副司令 杜聿明；
国民党第二绥靖区中将司令兼山东省政府主席 王耀武；
国民党四川省党部主任委员 曾扩情；
国民党第四十九军中将军长 郑庭笈；
国民党川湘鄂边区绥靖公署中将主任 宋希濂；
国民党第十八军少将军长 杨伯涛；
国民党天津警备司令部中将司令 陈长捷；
国民党青年军二0六师少将师长兼洛阳警备司令 邱行湘；
国民党浙西师管区中将司令兼金华城防司令 周振强；
国民党第六兵团中将司令 卢浚泉；
国民党第三绥靖区上校参谋 赵金鹏；
国民党徐州“剿总”定国部队中校副支队长 周震东；
国民党第二十五军四十师上校副师长 杜聚政；
国民党第七十二军二三三师六九八团上校团长 业杰强；
国民党第七十军参谋处二科少校科长 唐曦；
国民党太原绥靖公署建军会少将课长 白玉昆；
国民党晋冀区铁路局总务处长 贺敏；
国民党北平警备司令部少将参议 孟昭楹；
国民党内调局西南办事处代主任 廖缉清；
国民党山西省新闻处处长 杨怀丰；
国民党天津市民政局局长 曹钟鳞；
国民党南京中央训练团少将团员 徐以智；
国民党第九十九军少将高参代二六八师参谋长 甄肇麟；
国民党北平行营少将参议 刘化南；
国民党第六兵团四处少将处长 罗祖良；
国民党第七十七军三十七师少将师长 李宝善；
国民党第十二军上校高参 陈启銮；
国民党闽南暂编纵队一支队上校副司令 董世理；
国民党第六十四军一五六师四六八团上校团长 王中安；
国民党第一一六军二八七师政工处上校处长 蔡射受；
伪满洲国皇帝 爱新觉罗·溥仪；
伪满洲国第十军管区司令官 郭文林；
伪锡察盟全军副司令 雄努敦都布。
首批特赦战犯的成功，得到全国各族各阶层人民的普遍称赞与拥护，也极大地促进了各类罪犯在狱中的改造。此后，至1975年，新中国先后分七批总计特赦国民党战犯554名，其中国民党高级将领200余名，自此，中国大陆的监狱内再无国民党战犯。
